手術療法は薬物療法などで効果が得られない場合などに、鼻腔の通気性を改善するために手術を行う療法です。
手術療法では治療は鼻の粘膜（下鼻甲介）を切除して小さくする手術が基本的です。
近年ではレーザーメスを使用したレーザー手術法が普及していて比較的安易に手術する事が可能です。
レーザー手術では鼻の粘膜（下鼻甲介）の肥厚した部分をレーザーメスで焼いてやることにより、
空気の通る道広くし、下鼻甲介粘膜にあるアレルギー反応を起こす細胞を変性させて花粉症の反応を弱くします。
レーザー手術では出血もあまりなく、痛みも少ないため、外来でおこなうことも可能なようです。
外来で出来るため比較的容易に治療が受けられます。
また、鼻みずを分泌する腺を刺激する神経を切って、鼻みずをとめる手術法などもあります。